Онкотест Foundation One - новый шаг в диагностике рака
Предыстория
На протяжении длительного времени рак классифицировали и изучали в соответствии с его анатомической локализацией. Например, рак легких, груди, кишечника. кожи и так далее. Тем временем онкологи и патологи, по мере накопления знаний, все большее значение придают изменениям в генотипе, играющим роль в возникновении и прогрессировании рака.
Накопление научных данных о генетических изменениях в опухолях увеличивает вероятность успешного лечения посредством целенаправленной терапии, которая ориентирована именно на эти генетические изменения в теле пациента.
Что представляет собой исследование FoundationOne
FoundationOne — диагностический тест, предоставляющий самую полную информацию об онкопрофиле человека. В основу исследования положена новейшая система гибридного секвенирования генома, позволяющая точно идентифицировать все четыре класса генетических изменений в 324 генах, которые могут отвечать за возникновение солидных опухолей.
Анализ позволяет секвенировать экзоны (кодирующие участки) 309 генов, промоторную область и часть интронов (некодирующие участки) 34 генов, которые наиболее часто рекомбинируют (мутируют) при раке. Средний охват секвенирования охватывает более 500 участков генома. Каждое считывание охватывает уникальный фрагмент молекулы ДНК. Это дает возможность выявлять даже те генетические изменения, которые затруднительно обнаружить из-за гетерогенности опухоли, небольшого размера образцов ткани и попадания в биоптат неопухолевых клеток.
В любом FFPE-образце (так называется специальным образом подготовленный для секвенирования биоптат) определяются все базовые варианты мутаций, такие как замены оснований, вставки и удаления, вариации числа копий и рекомбинации генов.
Анализ FoundatlonOne выполняется на одобренной FDA платформе для сопутствующей диагностике (CDx) в качестве комплексной услуги.
Интерпретация результатов
Если в каком-либо из генов обнаруживается какое-либо генетическое изменение в текущей генной панели, в отчете сообщается не только “пораженный” ген и выявленное изменение, но и осуществляется интерпретация в контексте опухоли конкретного пациента.
На первой странице отчета могут быть перечислены гены, для которых было обнаружено одно или несколько клинически значимых изменений, и также гены в которых были выявлены мутации, но их клиническая значимость не определена. Обычно же в результатах исследования на первой странице отчета сообщается только об изменениях в генах, которые наверняка связаны с раком, то есть существует научно доказанная связь между этими мутациями и определенным типом рака (например, мутации в гене KRAS при колоректальном раке или в гене EGFR при бронхогенном раке/раке легкого). Кроме того, на первой странице отображаются данные по микросателлитной нестабильности (MSI) и мутационной нагрузке опухоли (TMB).
Варианты с неопределенным значением
Иногда тест выявляет в генах мутации, значимость которых в развитии опухолей научно не подтверждена. Однако множество таких мутаций определяется тестом и, возможно, в дальнейшем их значимость в развитии опухолей будет определена по мере появления новых клинических данных.
Что значит “неоднозначный результат”
В результате теста могут отображаться также сомнительные результаты — это значит, что есть указания на амплификацию (увеличение числа копий) определенных генов, но данные не совсем точны и не могут использоваться для клинической интерпретации.
Субклональные изменения — что это?
Результаты исследования, обозначенные термином субклональные, значат, что аналитическая система FoundationOne выявила изменения менее чем в 10% предполагаемой опухолевой ДНК.
Важно! FoundationOne предназначена для исследования генов, отвечающих за развитие солидных опухолей (одна из наиболее агрессивных форм рака)
Заключение
Всеобъемлющий онкопрофиль системы диагностики FoundationOne способен выявить все типы генетических изменений, которые могут послужить отправной точкой для начала целевой терапии опухоли. Выявляются даже такие изменения в генотипе опухоли, которые при солидных опухолях ранее выявлялись крайне редко или вообще не выявлялись, например, слияние генов.
Результат исследования FoundationOne дает врачам и пациентам представление о генетических изменениях, которые делают возможным дополнительные варианты лечения.
/авторский перевод R*, текст от 29.05.2019